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导读

本篇技术指南完整讲解 PaperSpine5 工作流中声明任务完成之前必须执行的最终审计（Audit Stage）：包括 20 项必查清单、可直接复制的审计命令集、必需输出工件、输出目录规范，以及以progress_check.py --gate final_audit为权威的完成硬门槛。读者学完后可以独立为任意一篇论文运行完整审计、正确解读Status: PASS / FAIL / BLOCKED报告、按“一次修正一次重试”的规则修复失败项，并区分 Balanced 与 Strict 两种审查策略在审计环节的差异。文中所有结论均以仓库内 audit.md 及相关源码为依据。

一、审计阶段在整个工作流中的定位

审计阶段是 PaperSpine5 生产管线的收口环节。它要求对当前宿主（current host）的当前真实稿件应用 review-policy.md，而不是对占位示例或历史版本进行形式化检查。审计覆盖以下六个维度的内容：

1. 科学支撑：每条主张是否有用户提供的证据支撑；
2. 编辑完整性：编辑综合（editorial synthesis）是否已基于真实稿件完成；
3. 引用身份与上下文：引用的文献身份、上下文位置及最终覆盖是否准确；
4. 模板/排版保真：LaTeX 源、渲染 PDF/DOCX 与目标格式是否一致；
5. 可携带产物：提交包、Word 输出、翻译包是否按要求生成且可用。

审计要求在真实的“工作点”（work point）上使用 citation.md、manuscript-format.md 与 submission.md：即修复发现的问题时回到产生该问题的上游输入处修复，而不是在报告上打补丁。同时，审计允许复用未受影响内容的有效检查结果，初始的干净评审不需要虚构修订记录；缺失作者事实（author facts）只会限制提交层面的能力，不应阻止安全的本地产物改进。

与遗留编排器的边界

audit.md 明确指出：文档末尾保留的“有序命令、命名工件与进度门槛”描述的是遗留编排器（legacy orchestrator），仅在某个实际工具消费旧目录树时才使用，它们不构成当前任务的第二完成权威。也就是说，判断任务是否完成，以当前宿主的最终审计门槛为准，而不是以旧目录中的progress.md或历史报告文件为准。

审计触发时机与执行效率约束

审计的触发条件是：稿件、参考文献、图表、配置与目标（target）全部冻结之后，完整运行下文命令集一次。在此之前应先阅读 execution-efficiency.md，并遵循“修复期间只重跑输入发生变化的检查”的原则。执行收据（execution receipt）可以复用确定性计算结果，但不能豁免任何就绪性或检查类收据——例如 PDF 渲染收据只能证明计算身份一致，不能代替人工/多模态检查本身。

二、最终审计 20 项必查清单

audit.md 将审计内容固化为 20 项必查项，逐项说明如下（编号与原文一致）：

1. 工件完整性（Artifact completeness）：管线各阶段产生的工件必须齐全可用。
2. 参考材料工作区：reference_materials/source_index.md必须存在。
3. 贡献与动机已确认：研究阶段之后，贡献（contribution）与对齐的动机（motivation）必须经用户确认；且在规划之前contribution_check.py必须通过。这一点在源码中也有对应：_run_final_audit_gate会在门槛处重新执行contribution_check.py（见 progress_check.py）。
4. 规划产物：Balanced 模式要求有实质性的section_blueprints.md；Strict 模式还额外要求有序的writing_rationale_matrix.md（写作理由矩阵）。源码中 Balanced 模式会从 planning 阶段要求中剔除writing_rationale_matrix.md（见 progress_check.py）。
5. 结果验证：results_validation.md必须在规划阶段通过——仅针对 journal、conference、competition 三类证据承载场景（evidence-bearing scenes）。源码中evidence_bearing_scene()与results_validation_check.py的调用严格对应这一条件（见 progress_check.py）。
6. 结构化评审：structured_review.md必须在 LaTeX 装配前包含一份已完成的、基于稿件的编辑综合（editor synthesis）。Strict 模式还要求通过evidence_review.json/evidence_review_check.md，随后是reviewer_audit.md及其检查器。提供方（provider）故障永远不能当作文献无命中（no-hit）的证据。
7. 实质性重写任务不得只做追加式或浅层修订。
8. 逻辑迁移：从原始草稿或素材到新稿的逻辑必须完整迁移（对应logic_transfer_audit.md）。
9. 主张支撑：每条主张必须由用户证据支撑。
10. LaTeX 安全：引用（citation）、标签（label）、图表（figure）引用必须安全。
11. 引用支撑库契约：citation_support_bank.md必须遵守其文献契约——开放文献要求广度/新近度，封闭语料（closed corpus）要求穷尽式去重与诚实的范围声明。源码中 citation_bank_check.py 的--scope参数（open_literature/closed_corpus）即对应此契约。
12. 科学证据台账：scientific_evidence_ledger.json必须解析 S/C/N/M/O/R 链接及最终验证状态（仅证据承载场景）。
13. 最终 LaTeX 源 + 哈希绑定的渲染页/图检查：渲染检查必须与源文件建立哈希绑定，而不是只看报告形态。
14. Word 输出：默认必须结构有效；仅在配置中显式设置word_output=none时才可跳过。源码中word_requested()即处理该开关（见 progress_check.py）。
15. 投稿元数据：submission_metadata必须通过其检查。若发布周期（publication-cycle）工作在内：
    • 当前目标画像（target profile）必须通过；
    • 投稿/修订必须有 READY 的不可变 bundle 与匹配的归档校验和；
    • 答复信（rebuttal）必须通过原子覆盖与血统（lineage）检查；
    • 期刊转移（transfer）必须在 READY_TO_REBUILD 增量后完成目的地重建。
16. 发布表面：发布表面（publication surface）不得包含内部证据 ID 或门槛叙述（gate narration）。
17. 用量遥测：usage_ledger必须包含实测用量或显式的telemetry_unavailable收据；文件字节数永远不能代表计费 token。源码 usage_ledger.py 明确USAGE_SOURCES = {"api", "host", "telemetry_unavailable"}，且telemetry_unavailable事件必须附带telemetry_note。
18. 翻译覆盖：当translation_package=zh时，翻译覆盖必须完整。
19. 中文 Word 交付物：当translation_package=zh且启用 Word 输出时，final_paper/paper.zh.docx与word_report.zh.md必须存在并通过检查；translation_zh/目录只是审计/中间包，不是最终中文 Word 交付物。
20. 自适应阴影（adaptive shadow）边界：若可选的 adaptive shadow 运行过，其收据只能证明一个哈希绑定的claim_surface_audited，不能替代任何规范检查、全稿完成、目标 bundle 的 READY 状态或授权。

三、审计脚本命令集（可直接复制运行）

audit.md 给出了两段命令集：一段是审计阶段的完整脚本清单，一段是完成硬门槛的命令序列。以下完整继承，并补充每个命令的核心参数语义。

3.1 完整审计命令集

python scripts/integrity_audit.py paper_rewriting_output --markdown --write python scripts/artifact_check.py paper_rewriting_output --markdown --write python scripts/citation_bank_check.py paper_rewriting_output/citation_support_bank.md --markdown --write python scripts/scientific_evidence_check.py paper_rewriting_output --phase final --markdown --write python scripts/publication_surface_check.py paper_rewriting_output --markdown --write python scripts/visual_readiness_check.py paper_rewriting_output --markdown --write python scripts/metadata_readiness_check.py paper_rewriting_output --markdown --write python scripts/usage_ledger.py paper_rewriting_output --markdown --write python scripts/progress_check.py paper_rewriting_output --markdown --write python scripts/revision_audit.py <original> <revised> --markdown python scripts/structured_review.py paper_rewriting_output --markdown --write # strict mode only: python scripts/structured_review.py paper_rewriting_output --dispatch python scripts/evidence_grounded_review.py validate paper_rewriting_output/evidence_review.json --manuscript paper_rewriting_output/final_paper/main.tex --markdown --write python scripts/citation_quality_audit.py paper_rewriting_output --write python scripts/latex_guard.py <main.tex> --bib <references.bib> --markdown python scripts/word_guard.py paper_rewriting_output/final_paper/paper.docx --tex paper_rewriting_output/final_paper/main.tex --markdown --output paper_rewriting_output/word_report.md python scripts/word_guard.py paper_rewriting_output/final_paper/paper.zh.docx --tex paper_rewriting_output/final_paper/main.tex --markdown --output paper_rewriting_output/word_report.zh.md # when a target-specific publication cycle is in scope: python scripts/publication_cycle.py profile-check <profile.json> --markdown --write python scripts/publication_cycle.py rules-check <profile.json> <manuscript.tex> --phase writing --markdown --write python scripts/publication_cycle.py assemble <profile.json> <plan.json> <bundle-dir> --markdown python scripts/publication_cycle.py rebuttal-check <review_round.json> --markdown --write python scripts/publication_cycle.py transfer-plan <origin-profile.json> <destination-profile.json> <transfer-request.json> <delta-dir> --markdown

3.2 命令参数与实现要点

• 通用--markdown --write：绝大多数检查器以 Markdown 报告输出，并用--write将报告写入输出目录（如integrity_audit.py的--write语义为“将integrity_audit.md写入输出目录”，见 integrity_audit.py）。
• integrity_audit.py：教学式（teaching mode）证据安全检查，输出结构化报告。每条发现（AuditFinding）都包含根因（root_cause）、修复动作（fix_action）、下游影响（downstream_impact）与教学说明（teaching_note），严重度分BLOCKER | WARNING | INFO，维度状态由 BLOCKER 决定BLOCKED / WARNINGS / CLEAN。
• artifact_check.py：按工作流（rewrite_existing/build_from_materials）、场景与配置检查工件存在性与可用性，其内置的GENERIC_CELL_VALUES、BAD_GENERIC_PHRASES用于识别理由矩阵中“提升清晰度”“学术化”等泛化占位内容（见 artifact_check.py）。
• citation_bank_check.py：--target-count（默认 0，即不强制数量）、--scope open_literature|closed_corpus、--recent-years（默认 3）等参数共同决定候选库的广度/新近度评估。
• scientific_evidence_check.py：--phase planning|final控制验证阶段，最终审计必须使用--phase final。
• structured_review.py：--dispatch生成独立评审人提示以支持多 Agent 派发；--validate可校验已有评审文件。
• evidence_grounded_review.py：提供validate / plan / calibrate / aggregate子命令，validate配合--manuscript做基于稿件的证据评审。
• latex_guard.py：位置参数为主.tex文件，--bib提供.bib用于引用键检查，--citation-style可选venue | numeric-brackets（默认 venue）。
• word_guard.py：--output指定报告路径，--tex提供主稿用于标题提取；其内置模式会识别遗留的\cite/\ref等 LaTeX 命令、[@smith2020]未解析引用、[?]坏交叉引用、**bold**等 Markdown 强调符与TODO/TBD/FIXME占位（见 word_guard.py）。
• publication_cycle.py：子命令profile-check（校验publication_target_profile.json）、rules-check（按--phase writing|final校验期刊规则）、assemble（装配不可变目标提交 bundle）、rebuttal-check（校验机器可读修订轮）、transfer-plan（生成目标到目标的迁移增量）。

四、必需输出工件清单（Required Outputs）

审计阶段结束后，以下工件必须存在并通过检查（audit.md 原文完整继承）：

• integrity_audit.md、artifact_check.md、revision_audit.md
• structured_review.md与citation_quality_audit.md；Strict 模式还要求evidence_review.json、evidence_review_check.md、reviewer_audit.md；以及logic_transfer_audit.md
• scientific_evidence_check.md、visual_audit_manifest.json、visual_readiness_check.md、publication_surface_check.md
• submission_metadata.json、metadata_readiness_check.md、usage_ledger.jsonl、token_budget_by_stage.md
• 通过的target_profile_check.md与写作阶段journal_rules_precheck.json/.md；READY 的bundle_manifest.json、最终journal_rules_final.json/.md、submission_bundle.zip及匹配的submission_bundle.sha256（当适用时）
• 通过的rebuttal_check.md及渲染后的答复/修改工件（当适用时）
• transfer_delta.json加上新渲染的目的地论文与 READY 目的地 bundle（当适用时）
• translation_package=zh时的final_paper/paper.zh.docx与word_report.zh.md

不得声明完成的判定条件包括：必需工件缺失、主张无支撑、编辑综合仍待完成、翻译不完整、Strict 模式理由矩阵为泛化内容、最终中文 Word 文档缺失。绿色通过的规范稿件审计也不能覆盖被阻塞的目标包、答复信或转移重建——五个就绪维度互不补偿。

五、输出目录规则（Output Directory Rules）

对于当前宿主，所有输出应保留在既有任务的paper/目录下并保留有效历史版本；历史遗留的paper_rewriting_output/布局可以原址读取，但不能作为迁移或删除用户工作的理由。具体规则：

• 意外嵌套：核验各文件属于哪个版本，仅修复确实错误的引用或放置；移动前保留全部唯一内容并解决文件名冲突，不要自动扁平化目录。
• 多个 final_paper 目录：依据任务与文件身份确定当前版本，保留历史版本并修正所选路径；不得仅因某个兄弟目录名为final_paper就删除它。
• 工件不得错放：writing_rationale_matrix.md、citation_support_bank.md、research_dossier.md等工作流工件必须位于paper_rewriting_output/内而非其外。源码中 progress_check.py 的MISPLACED_RELATIVE_PATHS常量即用于检测这类错放（包括final_paper、translation_zh等）。

六、完成硬门槛（Completion Hard Gate）：--gate final_audit权威解析

声明工作流完成之前，必须按顺序运行以下检查。progress_check.py --gate final_audit是权威硬门槛：它会实际重新执行artifact_check.py、citation_bank_check.py、integrity_audit.py、citation_quality_audit.py、证据/视觉/元数据/发布表面/用量台账检查、必需的word_guard.py检查，并在final_paper/main.tex存在后执行latex_guard.py与section_economy_check.py，任一脚本以非零退出码结束即失败。

python scripts/artifact_check.py paper_rewriting_output --markdown --write python scripts/citation_bank_check.py paper_rewriting_output/citation_support_bank.md --markdown --write python scripts/scientific_evidence_check.py paper_rewriting_output --phase final --markdown --write python scripts/publication_surface_check.py paper_rewriting_output --markdown --write python scripts/visual_readiness_check.py paper_rewriting_output --markdown --write python scripts/metadata_readiness_check.py paper_rewriting_output --markdown --write python scripts/usage_ledger.py paper_rewriting_output --markdown --write python scripts/progress_check.py paper_rewriting_output --gate final_audit python scripts/integrity_audit.py paper_rewriting_output --markdown --write python scripts/progress_check.py paper_rewriting_output --markdown --write

6.1 源码级实现：_run_final_audit_gate的执行链

在源码 progress_check.py 中，_run_final_audit_gate展示了硬门槛的真实执行顺序，可作为命令集的对照实现：

1. 重新执行artifact_check.py，非零退出即失败；
2. 从配置读取citation_target_count（默认 20）与文献范围，执行citation_bank_check.py --target-count N --scope ...；
3. 执行integrity_audit.py，并额外用validate_review()校验structured_review.md确实包含真实编辑判断（而非生成摘要或未填写的评审人占位）；
4. 执行citation_quality_audit.py（Balanced + closed_corpus 时放宽 API 分数与错误率参数）；
5. 依据word_requested/chinese_word_requested条件执行word_guard.py（主稿与中文稿各一次）；
6. main.tex存在时执行latex_guard.py（带references.bib）与section_economy_check.py——后者的--max-sections从配置读取（默认 6），且仅在 Strict 模式附加--enforce；
7. 启用作者声音恢复（author voice restoration）时执行author_voice_check.py；
8. 执行contribution_check.py（Strict 模式追加reviewer_audit_check.py与evidence_grounded_review.py validate）；
9. journal/conference/competition 场景执行results_validation_check.py与scientific_evidence_check.py --phase final；图表工作激活时执行figure_story_check.py --phase final；
10. 若存在素材选择请求/收据对，用asset_selection.py --verify-receipt重新按当前文件哈希验证；
11. 最后统一执行visual_readiness_check.py、publication_surface_check.py、metadata_readiness_check.py、usage_ledger.py。

任一失败都会汇总为GATE FAILED: Final Audit - N script(s) failed ...；全部通过则返回GATE PASSED: Final Audit - all scripts passed.。

6.2 条件性附加命令

当word_output未显式设为none且output_language不是zh时，还需运行：

python scripts/word_guard.py paper_rewriting_output/final_paper/paper.docx --markdown --output paper_rewriting_output/word_report.md

当translation_package=zh或output_language=zh时，还需运行：

python scripts/word_guard.py paper_rewriting_output/final_paper/paper.zh.docx --markdown --output paper_rewriting_output/word_report.zh.md

当translation_package=zh时，还必须运行并要求 PASS：

python scripts/translate_guard.py paper_rewriting_output --markdown --write

中文 Word 验收标准：最终中文 Word 文件必须主体为中文，且不得残留可见的 Markdown 强调符（如**bold**、*italic*）；一个中文标题下正文却是英文的.zh.docx属于失败的翻译包。pandoc 不可用时，必须在latex_report.md中写明BLOCKED/FAIL，不得静默跳过 Word 或宣称流程完成。

6.3 声明确认完成的五维就绪条件

只有同时满足以下条件才可声明完成：

• progress_check.py --gate final_audit退出码为 0；
• artifact_check.py退出码为 0；
• 最终进度报告is_complete=true；
• 无misplaced_artifacts报告；
• 完整性审计无未解决的 BLOCKER；
• 五个独立就绪维度全部为 true：scientific_content_ready、visual_ready、citation_verified、metadata_ready、artifact_portable。

一个维度的 PASS 不能抵消另一个维度的失败（五维非补偿）。Word 输出必须存在且有效，除非用户显式选择退出。

6.4 受限重试规则

若完整通过失败：修复归属输入（owning input），重跑受影响检查，然后执行一次新的最终完整通过。对于相同命令且输入哈希未变的情况，只允许一次修正性重试；第三次实质性相同的尝试是阻塞（blocker）而非进展。这一规则与 execution-efficiency.md 的“有界失败恢复”一致：一次运行、一次分类、一次修正、一次重试。

6.5 ProductRunner 任务的硬门槛特化

对于 ProductRunner 任务，硬门槛消费单一分层就绪裁决（layered readiness verdict），而不是把投稿元数据当作每个本地任务的必需项：

• manuscript与local_delivery范围在各自阻塞列表为空时，可以以submission_ready=false完成；作者事实仅在submission_package与外部行动层可见；
• submission_package请求仍要求全部五个非补偿层级；
• 每个就绪裁决中external_action_authorized保持为false（授权永不自动推导）。

七、反透传规则（Anti-Pass-Through Rule）与典型失败修复

反透传规则的核心是：报告文件存在不等于完成——一个干净的旧报告文件不能作为完成证据，门槛会实际重跑检查。

• 若artifact_check.md报告 Status: FAIL 或 BLOCKED，工作流未完成。不得声明完成，不得将progress.md写为is_complete=true，必须回到失败的上游阶段：
  • 缺失工件 → 运行产生该工件的阶段；
  • 内容问题（理由矩阵薄弱、引用库单薄）→ 修复工件后重新运行artifact_check.py；
  • 错放工件 → 移入paper_rewriting_output/。
• 若citation_bank_check.md报告 Status: FAIL，引用支撑库不合格。最终审计不得通过，直到引用库重新运行、所有薄弱行以“参考文献格式 + 主张支撑句”补齐。
• Strict 模式下，存在但泛化的理由矩阵即失败；Balanced 模式不要求理由矩阵，且不得因缺少行级文书而阻塞一篇科学上可支撑的论文。

八、Balanced 与 Strict 审查策略在审计中的差异

结合 review-policy.md 与源码，两种策略改变的是流程深度而非事实标准：

无论哪种策略，都要求真实的主事实与参考文献、有效的引用与图表链接、经授权的数据处理，以及可读、可移植的请求输出；缺失作者/伦理事实只限制相关主张或提交包，不妨碍在显式声明局限的前提下进行安全的本地产出与交付。review_policy从当前保存的配置读取（历史任务可能携带在paper_spine_config.json），缺失/未知值解析为balanced。

九、实操要点：正确解读审计报告

1. 看退出码，不看报告形态：硬门槛以真实退出码判定（_run_final_audit_gate逐个收集非零退出），因此应关注命令整体退出码与GATE PASSED/FAILED摘要，而非某个报告文件是否漂亮。
2. 两个“读正文”的检查：latex_guard.py会失败于不是真实\cite链接的字面方括号引用与编号失步；integrity_audit.py会失败于写作过程/元叙事语言（如“我重新组织了论文”“转写 A -> B -> C 计划链”）渗入正文；section_economy_check.py则暴露异常碎片化的分节供编辑评审——章节数量本身不会使 Balanced 论文失败。
3. 修复路径永远是“修上游输入 → 重跑受影响检查 → 一次最终全量通过”，不要通过反复微调输出报告坐标来凑绿色。
4. 中文交付物是独立的验收对象：translation_zh/是中间包，最终交付物必须是final_paper/paper.zh.docx，且要通过translate_guard.py、word_guard.py与“中文主体 + 无 Markdown 强调符”的双重标准。

十、结论

PaperSpine 的最终审计不是一系列可选的“锦上添花”，而是冻结稿件之后、声明完成之前的强制质量收口：它以 audit.md 的 20 项必查清单定义“审计什么”，以 progress_check.py 的--gate final_audit定义“如何判定”，以反透传规则与受限重试机制防止“报告驱动完成”的假阳性。读者在实操中只需记住一条主线：修复归属输入、重跑受影响检查、五维就绪全部为真、artifact_check与--gate final_audit双零退出，才能声明工作流完成。相关脚本均可直接在仓库 src/scripts 目录下运行，配套策略说明见 review-policy.md 与 execution-efficiency.md。

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