2026年9月16日，华中农业大学棉花团队王茂军教授、张献龙院士在Cell在线发表了题为《3D chromatin remodeling during domestication defines novel targets for crop improvement》的研究论文。该研究对34份半野生与267份栽培异源四倍体陆地棉开展群体规模Hi-C分析，构建了全景式泛3D基因组图谱，捕获TAD与染色质环的广泛群体多样性；首创染色质互作组全基因组关联分析（CIWAS）框架，鉴定出105个TAD重构与58个染色质环重连事件作为纤维品质的三维染色质基础，使纤维强度与纤维长度的遗传力估计分别提高16%和20%；揭示序列定义的选择扫荡固定了57%的三维构象特征，并使39个同源基因对的亚基因组表达平衡发生偏移；进一步通过序列建模与突变分析鉴定C2H2型锌指蛋白YY1为植物3D基因组组织的保守中介因子。值得一提的是，这是Cell创刊以来发表的首篇棉花研究论文。

英文标题：3D chromatin remodeling during domestication defines novel targets for crop improvement

中文标题：驯化驱动的3D染色质重塑定义了作物改良的新靶点

发表时间：2026年9月16日

影响因子：45.1

研究对象：陆地棉（Gossypium hirsutum L.）

DOI：10.1016/j.cell.2026.08.038

研究背景

在真核生物的细胞核内，DNA并非随机缠绕，而是折叠成高度有序的三维结构：染色质区室化将基因组划分为转录活跃的A区室与沉默的B区室，TAD作为基本功能单元约束了增强子-启动子的互作范围，染色质环则将远端的调控元件与目标基因拉至空间近邻。这就决定了基因何时、何地、以何种强度表达。在动物中，CTCF与黏连蛋白复合体是建立这一架构的核心因子；植物基因组缺少CTCF同源蛋白，其三维折叠依赖转录因子与表观遗传机制协同建立，具体分子基础尚不明确。

作物驯化是人类农业文明演进的核心驱动力。既往驯化研究多聚焦于基因组DNA序列层面的人工选择信号，但基因的时空表达调控不仅取决于线性遗传信息，更受染色质三维高级架构的精密控制。驯化如何在重塑基因组序列的同时改变三维染色质构象？这类结构重塑又如何推动农艺性状的适应性演化？这些问题一直是进化基因组学领域悬而未决的谜题。

陆地棉（Gossypium hirsutum L.）是异源四倍体作物，由A基因组与D基因组祖先种杂交加倍形成，其纤维为单细胞表皮毛，是解析染色质结构与转录调控关系的理想系统。另一方面，长期定向选育在提升纤维品质的同时，也造成栽培棉遗传多样性持续流失、可利用优异变异日益有限的育种瓶颈。突破传统线性DNA变异的分析视角，把驯化选择、序列变异、染色质结构重塑与纤维品质纳入同一遗传解析框架，正是本研究的出发点。

核心亮点

群体材料：选取301份陆地棉种质，包括34份半野生种质和267份栽培种质，涵盖半野生-栽培的完整驯化谱系。

取样时期：开花后12天（12 DPA）的发育中纤维，即纤维发育的关键期。

组学技术：对全部材料构建原位Hi-C文库，共产出337套Hi-C数据；同步整合ATAC-seq、CUT&Tag（H3K4me3、H3K27me3）、DAP-seq、RNA-seq及全基因组重测序数据，并测定纤维强度、纤维长度等品质性状表型。

分析策略：群体Hi-C图谱构建与泛3D基因组组装 → 序列变异与表观组数据解析三维结构多样性的驱动力 → 首创CIWAS框架（eCIWAS/tCIWAS）解析三维结构的表达与性状遗传基础 → 驯化选择与亚基因组分化分析 → 深度学习序列建模（C.Origami）与饱和突变挖掘关键序列元件 → YY1功能验证及跨物种保守性分析。

数据质量方面，Hi-C文库平均有效互作率93.7%，98.3%的文库达到4 kb分辨率（22个样本达2 kb），生物学重复一致性高（HiCRep 95.9%、QuASAR-Rep 92.1%、GenomeDISCO 90.5%），为下游群体尺度比较提供了扎实基础。

研究结果

1. 群体规模Hi-C图谱揭示棉花泛3D基因组图景

研究对301份种质的12 DPA纤维组织进行原位Hi-C测序，平均每个材料鉴定出9,268个TAD和13,849个染色质环。TAD边界与环锚点显著富集染色质可及性（ATAC-seq）和H3K4me3信号；基于染色质状态建模，基因组功能元件可划分为启动子、开放染色质区、双价与Polycomb抑制四类状态。

群体层面的比较揭示了丰富的三维结构多态性：平均843 Mb区域在所有材料中稳定维持A区室，另有274 Mb区域发生A/B区室切换，且D亚基因组的区室切换比A亚基因组更为频繁；全基因组共鉴定出13,100个TAD分裂位点，主要富集于异染色质的B区室。86,468个可重复检测的染色质环构成群体环池，按检出频率可分为特有环（10.60%）、高动态环（60.62%）与稳健环（28.87%）：稳健环更多锚定基因（75.68%），而连接管家基因、桥接TAD簇的骨架环构成了稳定基本基因网络的结构骨架。至此，首个植物群体水平的泛3D基因组图谱建成，驯化相关的染色质空间结构得以在种质间直接比较和量化。

图1. 研究设计与群体规模3D基因组图景

2. 结构变异与表观修饰共同驱动三维染色质重排

群体间三维结构差异从何而来？研究整合群体重测序数据，发现TAD分裂位点显著富集PAV、SNP与InDel等序列变异——在30个具备参考基因组的材料中，SV贡献了31.36%的TAD边界破坏；9.71%的染色质环互作强度变化与SV相关。半野生材料的TAD分裂位点携带的序列变异负荷明显高于栽培材料，印证了群体遗传背景对三维结构的塑造。

但DNA序列并不能解释全部的三维结构变化：9.18%的TAD分裂与13.83%的环重连事件伴随染色质可及性或组蛋白修饰状态的改变。这一结果建立起SV与染色质扰动之间的对应关系，说明序列变异与表观状态改变是共同塑造棉花群体三维基因组多样性的双重驱动力。

图2. 结构变异影响3D基因组结构

3. 首创CIWAS框架，锁定纤维品质的三维染色质靶点

传统GWAS可以回答"哪些DNA变异与性状相关"，却难以解释大量非编码变异如何通过核内空间结构影响基因表达和表型。为此，研究团队开发了染色质互作组全基因组关联分析（CIWAS），将TAD边界绝缘分数（IS）和染色质环互作强度作为可量化的"分子性状"，连接基因型、基因表达与纤维品质。遗传力分析显示，TAD边界IS的遗传力在三维特征中最高。研究共鉴定出8,564个基因表达eQTL、6,107个TAD边界tadQTL和2,709个染色质环loopQTL。

表达层面（eCIWAS），1,880个TAD边界与860个染色质环共同调控4,096个基因的表达，其中2,188个基因呈层级调控模式——遗传变异先改变三维染色质结构，再经由结构变化影响基因表达；1,862个基因则为独立调控模式。性状层面（tCIWAS），研究鉴定出与纤维品质关联的105个TAD重构（纤维强度66、纤维长度40、伸长率26、整齐度1）和58个环重连事件；相比传统GWAS，tCIWAS额外解释了纤维强度16.46%、纤维长度20.05%的表型变异，且三维特征预测模型在独立测试集上保持稳定性能。3D基因组变异对纤维强度和长度的中位遗传效应分别为0.52 cN/tex和0.28 mm，效应量不可忽视。

以A07染色体上的tCIWAS-TAD位点（TAD_37853）为例，该位点位于已报道GWAS位点qFS-A07-2内，GG基因型材料的边界信号更强、绝缘分数更低、纤维强度更高，附近生长素响应基因表达上调，提示边界形成可消除连接该基因与远端抑制元件的染色质环、解除表达抑制。最终，研究筛选出39个有利TAD边界与20个有利染色质环作为纤维品质改良的潜在三维结构靶标，并结合tCIWAS、eCIWAS与TWAS联合鉴定出25个纤维强度相关基因和14个纤维长度相关基因——携带优异等位变异的材料数越多，纤维品质越优，呈现出清晰的累加效应。

图4. 3D基因组结构的遗传基础与基因表达及纤维品质的关联

4. 驯化的双重印记：序列选择与染色质选择部分解耦，重塑同源基因表达平衡

整合A/B区室切换、TAD重构与环重连特征可将群体清晰分为半野生与栽培两组：半野生棉的TAD分裂事件显著多于栽培棉（平均193对117），而栽培棉的染色质环分布更集中——经长期人工定向选育，栽培棉的染色体结构变得更规整、更稳定，可塑性大幅降低，半野生棉灵活的三维结构中则蕴藏着大量尚未利用的育种资源。群体分化分析鉴定出1,807个分化TAD边界与1,720个分化染色质环，驯化扫荡区域（共212.82 Mb）涵盖其中172个分化边界与324个分化环。

一个耐人寻味的发现是：仅约57%的驯化相关三维染色质信号落在经典序列驯化扫荡区间内，序列层面的选择与染色质层面的选择存在明显解耦。62.79%的分化TAD和73.77%的分化环与表观遗传特征共选择，说明驯化的染色质重塑与序列扫荡只有部分一致——驯化的分子印记同时保存在线性序列与三维空间结构两个层面。以参与各向异性细胞生长与微管组织的基因BPP1为例，它位于驯化选择的TAD边界上，栽培棉中该边界更显著、基因表达显著升高，是染色质结构变化直接参与驯化表型形成的直观案例。整合三维染色质关联、群体分化与扫荡区域，研究获得904个在栽培棉中上调并富集于纤维发育过程的基因，据此构建了纤维驯化相关基因调控网络。

作为异源四倍体，陆地棉A、D亚基因组同源基因的表达偏倚是纤维发育调控的重要层次。研究构建群体规模的同源基因表达偏倚数据集：位于低绝缘区、边界更锐利的基因表达更高，D亚基因组的三维结构可变性整体大于A亚基因组。在8,867个至少一个拷贝位于群体稳定TAD边界的同源基因对中，1,974对（22.26%）的低表达拷贝与边界丢失相关；1,619对（14.20%）同源基因的偏倚模式在群体间显著分化，可归纳为偏倚切换、偏倚趋同与偏倚强化三种类型，其中913个对的偏倚变化可由三维染色质/表观基因组重塑与eQTL遗传调控共同解释，39对三维结构分化位于序列定义的选择扫荡内，且75.5%表现为偏倚强化。换言之，驯化选择通过固定特定的三维构象，系统性地重写了亚基因组间的表达平衡。

图4. 驯化后3D基因组组织的分化

图5. 3D染色质差异对同源基因表达偏倚的影响

5. 序列基础与保守架构因子：C2H2锌指蛋白YY1维持植物三维基因组折叠

植物没有CTCF，那么是什么序列与蛋白在支撑三维折叠？研究利用优化后的深度学习模型C.Origami，基于参考基因组序列与表观基因组数据预测三维结构：预测与实验的绝缘分数曲线高度一致（Pearson r=0.78），实验检出的TAD边界在预测数据中呈现尖锐的IS峰。全基因组饱和突变分析鉴定出2,701个高效应基因组片段，其删除可导致明确的域重构，且37.32%的高效应片段与TAD边界重叠（随机片段仅15.83%）——这些DNA序列承载着维持染色体空间折叠的关键信息。

转录因子结合基序分析显示，129个转录因子在TAD边界与环锚点共富集，主要来自SBP、TCP、Trihelix、HSF、bZIP、C2H2与bHLH家族；群体层面20.40%的环重连事件与基序变异高度相关，被破坏的转录因子结合位点数量与边界重构程度呈剂量依赖关系，其中C2H2家族结合基序对TAD重构的影响最强。功能验证锁定YY1：DAP-seq共鉴定98,422个高置信YY1结合位点；Ghyy1敲除突变体中纤维长度显著下降（平均23.36 mm对25.30 mm），含YY1结合位点的TAD边界中84.08%、差异环中67.00%的组织信号减弱，证实YY1是维持三维染色质结构的架构因子。转录组分析进一步显示Ghyy1中1,964个基因上调（富集氧化胁迫响应），纤维相关靶基因GhTT16与GhPA2的启动子携带强YY1结合峰，酵母单杂交、双荧光素酶与EMSA实验证实YY1直接结合并调控其转录——YY1兼具架构蛋白与转录抑制因子的双重角色。

跨物种比较显示，YY1结合位点在8个二倍体棉属物种的TAD边界均显著富集；扩展到6个植物物种的高分辨率Hi-C数据，共鉴定80个在5个以上物种TAD边界显著富集的保守转录因子，YY1在所有受检物种中无一例外地富集于TAD边界，是植物界保守的3D基因组组织核心调控因子。

图6. 棉花3D基因组组织的序列基础

图7. YY1参与植物3D基因组结构的组织

研究结论

这项研究以301份半野生与栽培异源四倍体陆地棉为材料，整合Hi-C、ATAC-seq、CUT&Tag、DAP-seq、RNA-seq与重测序数据，构建了全球首个群体水平植物泛3D基因组图谱，并配套开发了CIWAS分析框架，把三维染色质特征变成可量化、可关联、可预测的分子性状。研究回答了三个层层递进的问题：群体间三维结构差异由序列变异与表观状态改变共同驱动；三维染色质重构是纤维品质的遗传基础，可解释传统GWAS之外16%~20%的表型变异；驯化选择在序列扫荡之外固定了三维构象特征，重写了亚基因组表达平衡。

从育种角度看，这项工作打破了农作物育种只看"基因序列"的传统局限：染色质三维空间结构是序列变异之外可供作物改良利用的新型靶标，39个有利TAD边界与20个有利染色质环为纤维品质改良提供了可直接利用的分子靶点，也为突破栽培棉遗传多样性瓶颈、拓展种质资源开辟了新路径。YY1等保守架构因子的鉴定，则为通过编辑关键调控序列实现三维结构的定向重塑提供了候选工具。棉花育种正从"改良基因"的一维时代，迈向"重塑空间结构"的立体时代。

供稿 | 多组学产品部

编辑 | 市场部